Pierwsze wzmianki o parafii w Dusznikach pochodzą z 1324 r., które mówią o proboszczu dusznickim Albrechcie. Z 1346 roku pochodzi wzmianka o kościele z ołtarzem św. Katarzyny. Około połowy XVI w. powstaje w miejscu dawnej, drewnianej świątyni kościół murowany. Jego prezbiterium to południowo-wschodnia kaplica obecnego kościoła. W roku 1550 odbywają się w nim pierwsze protestanckie kazania. Pod koniec XVI wieku z pomocą cesarską kościół zostaje odnowiony, a w 1598 r. powstaje nowa kazalnica, przeniesiona później do kaplicy pw. Św. Trójcy. Początek XVII w. rozpoczyna się niefortunnie - pożarem kościoła, który zostaje odbudowany dopiero w 1629 r. Od 1623 r. kościół przechodzi w ręce katolików i w tych rękach dotrwał do dnia dzisiejszego. W latach 1641-1680 powstaje kamienna wieża, do dziś istniejąca, przebudowana w 1656 r. i później w 1675 r. W końcu XVII w. z powodu zniszczenia wewnętrznych drewnianych empor postanowiono jego przebudowę. W 1708 r. poświęcono kamień węgielny pod budowę nowego kościoła, ustawionego prostopadle do pierwotnego. Projekt barokowej budowli przygotowuje Lorenz Meyser z Kłodzka. Budowę zakończono w 1730 r. W 1771 r. następuje przebudowa sklepienia prezbiterium. W 1780 powstaje nowy chór muzyczny i polichromie dusznickiego malarza Grunda. W roku 1816 zbudowano obecną dzwonnicę, a w 1817 kaplicę północną. W trakcie wielkiego pożaru miasta w 1844 r. spłonęły dachy i zawaliło się sklepienie wieży.